W służbie włoskiej Po rozformowaniu Legionów, wraz ze swoim pułkiem ułanów Puchalski przeszedł na żołd zależnej od Francji Republiki włoskiej (od 1805 Królestwo Włoch), gdzie znalazły się wszystkie polskie jednostki. Podczas służby, razem z kilkoma innymi oficerami, popadł w konflikt z dowódcą pułku Aleksandrem Rożnieckim. W marcu 1804 podczas okupacji w Apulii, Puchalski sam chorując na febrę, leżąc, odmówił szefowi szwadronu Janowi Konopce udzielenia pomocy rannemu ułanowi, przez co Konopka nałożył na chirurga areszt domowy, sadzając przy jego łóżku dwóch ułanów. Po tym zdarzeniu Puchalski przeniósł się do 4 półbrygady, a następnie do 1 regimentu piechoty pod dowództwem Józefa Grabińskiego, który pałał straszliwą nienawiścią do Rożnieckiego.
W okresie służby we Włoszech Puchalski nawiązał bliskie stosunki z generałem J. H. Dąbrowskim, wówczas generalnym inspektorem kawalerii włoskiej, stając się protegowanym generała. Generał, po śmierci pierwszej żony (3 października 1803) oddał pod opiekę Puchalskiego swego syna Jana Michała, kapitana kawalerii. W 1804 roku Puchalski wstąpił do loży masońskiej „L’Union”, której większość stanowili Polacy z regimentu Grabińskiego.