28 stycznia 2019 został zatrzymany przez Centralne Biuro Antykorupcyjne. Razem z nim zatrzymano pięć innych osób: byłego parlamentarzystę oraz osoby związane z MON i PGZ. Zarzucono im m.in. powoływanie się na wpływy i czerpanie z tego korzyści materialnych. 30 stycznia Misiewicz został tymczasowo aresztowany na trzy miesiące, następnie tymczasowe aresztowanie zostało przedłużone o kolejne dwa miesiące. Opuścił areszt w czerwcu 2019, po wpłaceniu poręczenia w wysokości 100 tys. zł. Postępowanie sądowe rozpoczęło się w 2025 roku.
W marcu 2020 założył spółkę Alleati Holding, zajmującą się m.in. sprzedażą wódki „Misiewiczówka”. 21 maja 2021 do warszawskiego Sądu Rejonowego trafił akt oskarżenia przeciwko Bartłomiejowi Misiewiczowi za reklamowanie i sprzedawanie wódki „Misiewiczówka” bez wymaganego zezwolenia. W 2022 roku został za to prawomocnie skazany i ukarany grzywną w wysokości 20 tys. zł.