Objął później funkcję sekretarza do spraw bezpieczeństwa i obrony w administracji prezydenta Rumena Radewa.

11 maja 2021, w związku z kryzysem politycznym po wyborach z kwietnia, prezydent Rumen Radew ogłosił jego powołanie na urząd premiera, a także przedstawił listę członków jego technicznego rządu. Gabinet Stefana Janewa rozpoczął funkcjonowanie następnego dnia. Zgromadzenie Narodowe wybrane w przedterminowych wyborach z lipca 2021 również nie wyłoniło większościowej koalicji. 16 września prezydent wyznaczył kolejne wybory na listopad, a także powołał drugi tymczasowy gabinet ze Stefanem Janewem na czele.

Urząd premiera sprawował do 13 grudnia 2021, gdy na czele nowego gabinetu stanął Kirił Petkow. W jego rządzie Stefan Janew został powołany na ministra obrony (z rekomendacji ugrupowania Kontynuujemy Zmianę). Parlament odwołał go z tej funkcji 1 marca 2022. Doszło do tego po tym, jak odmówił nazwania rosyjskiej inwazji na Ukrainę wojną i opowiedział się za zachowaniem przez Bułgarię neutralności. W maju tegoż roku założył nowe ugrupowanie pod nazwą Powstań Bułgario.