Według postanowień pokoju toruńskiego kończącego wojnę trzynastoletnią w 1466 potwierdzono przynależność Elbląga do Polski, do której należał przez ponad 300 lat, aż do roku 1772. W 1483 zakończono budowę Kanału Jagiellońskiego, dzięki któremu Elbląg odzyskał połączenie wodne z rzeką Nogat. 7 lutego 1495 w Elblągu gościł król Jan I Olbracht. Od 1503 miasto było strażnikiem pieczęci Prus Królewskich. 18 stycznia 1504 do Elbląga przybył Mikołaj Kopernik. 29 maja 1535 powstało Gimnazjum Elbląskie, pierwsza w kraju szkoła średnia. W 1552 przebywał w Elblągu król Zygmunt II August, dwa lata później Wolfgang Dietmar uruchomił pierwszą drukarnię w mieście. W 1571 r. król Zygmunt II August zamówił w elbląskiej stoczni budowę pierwszego polskiego okrętu wojennego, galeonu Smok – niestety, śmierć króla przerwała prace, do których nigdy nie powrócono. 10 września 1576 w Elblągu przebywał król Stefan Batory, dzięki jego decyzjom od 7 marca 1577 cały morski handel polski miał przechodzić przez Toruń i Elbląg, czyniąc tutejszy port głównym w Rzeczypospolitej.