W Berlinie poznał swoją żonę Emmę Diefenbach. lewo|mały|Franz Josef Niedenzu, prace w ogrodzie botanicznym w Braniewie lewo|mały|Franz Josef Niedenzu obok swojego popiersia, ufundowanego po jego przejściu na emeryturę w 1926
W 1892 roku Niedenzu otrzymał stanowisko wykładowcy na wydziale matematyki i nauk przyrodniczych w Królewskim Gimnazjum (Königlich-Katholisches Gymnasium), które w 1912 zostało przemianowane w Królewską Akademię (Königliche Akademie), a w 1919 w Państwową Akademię (Staatliche Akademie in Braunsberg)Andrzej Kopiczko Vom Lyceum „Hosianum“ bis zur Staatlichen Akademie zu Braunsberg Organisatorische Änderungen und deren Umstände. W Braniewie Niedenzu założył w 1892–1893 ogród botaniczny, w którym uprawiał 2500 gatunków i odmian roślin, wśród nich m.in. sprowadzone z Ameryki Południowej, w tym po raz pierwszy nieznane dotąd w całych Prusach Wschodnich pomidory. Po II wojnie światowej w tym miejscu utworzono istniejący do początku XXI wieku ogród zoologiczno-botaniczny w Braniewie. Wiele drzew posadzonych ręką profesora Niedenzu rośnie w tym miejscu do dziś, wśród nich m.in. tulipanowiec amerykański czy miłorząb dwuklapowy.lewo|mały|200x200px|Niedenzuella sp. otrzymała nazwę na cześć braniewskiego botanika Franza Niedenzu prawo|mały|240x240px|Ogród prof.