Polska komisja generalska rozpatrująca pod koniec 1918 zarzuty przeciwko Puchalskiemu – przed którą stanął na własne życzenie – uznała jego duże doświadczenie i wiedzę wojskową, jednocześnie stwierdzając, że „ze względu na słabe nerwy nie nadaje się do służby frontowej i samodzielnych komend”Piotr Stawecki, Słownik Biograficzny Generałów Wojska Polskiego 1918-1939, Warszawa 1994, s. 268-269, i oddała go do dyspozycji Naczelnego Dowództwa.
18 marca 1919 został przyjęty do Wojska Polskiego w stopniu generała porucznika ze starszeństwem od 9 grudnia 1917 i przydzielony z dniem 1 marca tego roku do Rezerwy Oficerskiej w WarszawieDz. Rozk. Wojsk. Nr 37 z 3 kwietnia 1919, poz. 1175, 1184.. Kierował Kursem Adiutantów Sztabowych i uczestniczył w pracach Komisji Weryfikacyjnej. 10 czerwca 1919 wyznaczono go na stanowisko dowódcy Szkoły Sztabu Generalnego. Równocześnie przewodniczył Centralnej Komisji Wyszkolenia WP (od 21 sierpnia) oraz kierował dywizyjnym Centrum Wyszkolenia w Lidzie (od 17 listopada). 10 lutego 1920 został zwolniony z funkcji komendanta SSG, a 10 marca otrzymał nominację na stanowisko szefa Departamentu I Broni Głównych i Wojsk Taborowych Ministerstwa Spraw Wojskowych i członka Rady Wojskowej. Funkcję szefa departamentu sprawował do listopada 1920.