Metody stosowane w klasyfikowaniu ptaków można podzielić na oparte na: porównywaniu poszczególnych elementów morfologii i anatomii, badaniu głosów (np. poprzez analizę spektrogramów), badaniach DNA oraz kilka pozostałych metod, w tym porównywanie zachowań ptaków, takich jak lot tokowy.
Historia Początki klasyfikacji Ptaki były od zawsze obecne w kulturze człowieka. W różnych kulturach zwykle istnieje pojęcie odpowiadające ptakom jako naukowo wyróżnianemu taksonowi lub bliskoznaczne. Współczesne gatunki można zidentyfikować na naskalnych malowidłach oraz freskach, ceramice i innych wyrobach pochodzących ze starożytnego Egiptu. Najstarsze klasyfikacje to ludowe systemy nazewnictwa (taksonomia ludowa). Przykładowo, wśród ludzi z grupy Hanunó’o, żyjących na Filipinach, istnieje 136 nazw ptaków, z czego tylko w jednym przypadku używają jednego słowa określającego dwa gatunki. Ludy Nowej Gwinei były blisko zaznajomione z lokalną fauną: Diamond (1966) przeanalizował nazewnictwo mieszkańców jednej z wiosek, którzy okazali się znać nazwy 110 gatunków ptaków (w okolicy zidentyfikowano ich 120). Niektóre z podobnych do siebie ptaków odrębnych gatunków nosiły tę samą nazwę, podczas gdy inne, choć trudne do rozpoznania w terenie (jak np. przedstawiciele Sericornis) były rozróżniane przez rdzenną ludność.