Jednak w okresie rządów PiS-u zlikwidowano WSI oraz powołano mające zajmować się walką z korupcją Centralne Biuro Antykorupcyjne, przy czym obie inicjatywy wsparła większość ówczesnej opozycji, w tym Platforma ObywatelskaGłosowanie nr 37 – Posiedzenie 17. Dnia 12-05-2006 Godz. 10:27 Głosowanie nad przyjęciem w całości projektu ustawy o Centralnym Biurze Antykorupcyjnym, w brzmieniu proponowanym przez Komisję Administracji i Spraw Wewnętrznych oraz Komisję Sprawiedliwości i Praw Człowieka, wraz z przyjętymi poprawkami.Ustawa z dnia 9 czerwca 2006 r. o Centralnym Biurze Antykorupcyjnym ()Ustawa z dnia 9 czerwca 2006 r. Przepisy wprowadzające ustawę o Służbie Kontrwywiadu Wojskowego oraz Służbie Wywiadu Wojskowego ().

Krytyka, jakiej poddawany był w tamtym czasie PiS, zdaniem prawicy miała wynikać z inicjatywy tzw. „układu” (PO, SLD), chcącego zatrzymać władzę dla własnych interesów.

Kazimierz Marcinkiewicz jako premier rządu PiS w grudniu 2005 r.