Opactwo benedyktynów W 1164 r. rozbudowano kościół w Iona, a w 1203 r. osiadły tu dwa zakony: benedyktyni i augustianki, budując dwa klasztory: męski (na fundamentach dawnego klasztoru św. Kolumbana) i żeński (zwany Iona Nunnery). Dla Szkocji symbolicznie oznaczało to zwycięstwo liturgii rzymskiej nad dawną liturgią irlandzką, zwalczaną przez Kościół rzymskokatolicki.
Kościół opactwa ponownie został znacznie rozbudowany w XV wieku i stał się kościołem katedralnym i siedzibą biskupa Wysp (bishop of the Isles) w 1507 r. Reformacja w Szkocji w 1560 r. zniosła wszystkie klasztory i skonfiskowała ich majątek, zakonnicy zostali wygnani, a cenne biblioteki klasztorne zniszczono lub rozproszono. Ponieważ nowa, panująca w Szkocji wiara- kalwinizm – nie tolerowała kultu rzeźb i obrazów, Opactwo Iona sfanatyzowany tłum w 1561 r. ogołocił z dzieł sztuki sakralnej, niszcząc je na miejscu, np. rozbito setki ozdobnych, kamiennych krzyży wotywnych, z których słynęła wyspa.