Katolicyzm szeroko rozpowszechnił się w Szkocji w VI i VII w. Szkocki Kościół katolicki o irlandzkim pochodzeniu, różnił się od reszty zachodniego chrześcijaństwa w jego tradycji liturgicznej. Te różnice usunięto po reformie liturgicznej w XI w. Jednakże pamięć o tym konflikcie pozostała, co niewątpliwie przyczyniło się do sukcesu reformacji w XVI w. mały|Kaplica św. Niniana w Tynet, koło Buckie. Konspiracyjny kościół katolicki z XVIII w., zlokalizowany w wiejskim domu w północnej Szkocji
Reformacja Na początku XVI w., pod wpływem sukcesu reformacji anglikańskiej w Anglii, większość elit szkockich zerwała z Rzymem, przyjmując kalwinizm. W 1560 r. Kościół rzymskokatolicki w Szkocji został zdelegalizowany, jego majątek skonfiskowany, a działalność zakazana. Ludność katolicka zaczęła być brutalnie prześladowana przez władze państwowe. Msze katolickie zostały zakazane, a księża zmuszeni do odprawiania nabożeństw w warunkach konspiracyjnych. Mimo prześladowań, wielu Szkotów pozostało wiernych katolicyzmowi. Przynależność do Kościoła katolickiego dla wielu Szkotów była jednym z elementów tożsamości narodowej, co przyczyniło się do przetrwania katolicyzmu w Szkocji mimo ogromnego nacisku reformacji.