Powrócił do kraju po inwazji włoskiej na Albanię w 1939, zasiadając w prowłoskiej Radzie Państwa. W lutym 1944 objął stanowisko ministra spraw zagranicznych w rządzie Rexhepa Mitrovicy, które pełnił do lipca 1944. W tym czasie należał do władz Balli Kombëtar. W listopadzie 1944 po objęciu władzy przez komunistów został uwięziony i stanął przed sądem oskarżony o współpracę z okupantem. 13 kwietnia 1945 Sąd Specjalny, którego obradom przewodniczył Koçi Xoxe skazał Omariego na karę śmierci. Dzień później rozstrzelany wraz z 16 innymi więźniami na przedmieściach Tirany, w miejscu zwanym Kodra e Priftit. Ostatnie słowa Omariego przed śmiercią miały brzmieć: Nie jesteśmy wrogami i historia to potwierdzi. thumb|240px|Bahri Omari w czasie procesu (1945) Był żonaty (żona Fahrije była siostrą Envera Hoxhy), miał dwóch synów. W latach 1941–1943 Enver Hoxha i jego przyszła żona Nexhmije ukrywali się w domu Omariego.
W 2015 Bahri Omari został wyróżniony Orderem Nderi i Kombit (Honor Narodu).