Historia Papież Franciszek powołał dykasterię listem apostolskim Humanam progressionem, w formie motu proprio, sygnowanego datą 17 sierpnia 2016. Na jego mocy dykasteria 1 stycznia 2017 przejęła kompetencje zlikwidowanych Papieskich Rad: Iustitia et Pax, Cor Unum, ds. Duszpasterstwa Migrantów i Podróżujących oraz ds. Duszpasterstwa Służby Zdrowia.
Na wniosek Rady Kardynałów statut nowej dykasterii został zatwierdzony przez papieża „ad experimentum” 17 sierpnia 2016.
Od września 2026 funkcję prefekta pełnić będzie siostra zakonna, jako druga kobieta w Kurii Rzymskiej – Alessandra Smerilli FMA, natomiast funkcję pro-prefekta, ze szczególną odpowiedzialnością za Centrum Formacji Zaawansowanej Laudato Si’ pełnić będzie kardynał Fabio Baggio CS.
Dotychczasowy zarząd Dykasterii Prefekci 2016–2022: kard. Peter Turkson od 23 IV 2022 do 31 VIII 2026: kard. Michael Czerny SJ p.o. prefekta (2021–2022) od 1 IX 2026: s. Alessandra Smerilli FMA od 1 IX 2026: kard. Fabio Baggio CS pro-prefekt (ds. Centrum Formacji Zaawansowanej Laudato Si’)