W 2005 rok podczas przygotowywania reportażu z Somalii, przebywał w Mogadiszu razem z producentką filmu Kate Peyton, która została wówczas śmiertelnie postrzelona. Zdecydował się kontynuować pracę nad materiałem opisującym funkcjonowanie w ogarniętym wojną kraju. Efektem jego pracy był film dokumentalny Somalia: Land of Anarchy, za który w 2011 roku otrzymał nagrodę Peabody AwardInformacja na stronie Peabody Award.
Aresztowanie w Egipcie W 2013 roku Greste przebywał w Egipcie, jako korespondent Al Jazeera English. 29 grudnia egipska policja wkroczyła do jego pokoju w hotelu Marriott w Kairze, po czym został, wraz ze współpracownikami, Mohamedem Fahmy oraz Baherem Mohamedem, aresztowany i uwięziony. Dziennikarze zostali oskarżeni o tworzenie fałszywych informacji i wspieranie Bractwa Muzułmańskiego. 23 czerwca 2014 został skazany na siedem lat więzieniaEgypt sentences al-Jazeera trio to at least seven years' jail, BBC News, 23 czerwca 2014. 2 lutego 2015 został wypuszczony z więzienia i poprzez Cypr, deportowany do AustraliiEgypt Deports Peter Greste, Journalist Jailed With 2 Al Jazeera Colleagues, The New York Times, 1 lutego 2015.