Służba 25 sierpnia 1916 roku (w dniu przyjęcia okrętu do służby) dowódcą jednostki został mianowany porucznik marynarki () Friedrich Karl Sichart von Sichartshofen. Na stanowisku okrętu pozostawał do 20 marca 1917 roku. W czasie jego służby UB-41 odniósł dwa zwycięstwa. 21 listopada 1916 roku w okolicach Blyth okręt zatrzymał i zajął jako pryz norweską jednostkę „Thyholmen” o pojemności BRT. Zbudowany w 1913 roku czteromasztowy szkuner płynął z ładunkiem szalunków górniczych z Holmestrand do West Hartlepool. 18 stycznia 1917 roku na pozycji () UB-41 uszkodził brytyjski trawler „Cetus” o pojemności BRT. 21 marca 1917 roku dowódcą okrętu został porucznik Günther Krause. 19 kwietnia 1917 roku około 2,5 mili na północny wschód od Whitby UB-41 zatopił pierwszy statek. Był to norweski parowiec „Ellida” o pojemności BRT. Ten zbudowany w 1901 roku statek płynął pod balastem z Caen do Tyne. 22 maja 1917 roku także w rejonie Whitby na pozycji () dowodzony przez Krausego okręt zatopił największą w swojej historii jednostkę przeciwnika. Był to zbudowany w 1889 roku brytyjski statek parowy „Lanthorn” o pojemności BRT. Następnego dnia 2 mile na wschód od Seaham UB-41 zaatakował norweski parowiec „Monarch” o pojemności BRT.