We wrześniu 2008 roku, po odejściu byłych wicekapitanów (Ronaldinho do Mediolanu i Deco do Chelsea), FC Barcelona zdecydowała się na wybór ich następców. Iniesta został wybrany trzecim wicekapitanem. W październikowym spotkaniu w ramach Ligi Mistrzów z FC Basel na Camp Nou Iniesta odniósł kontuzję, która pierwotnie miała wyłączyć go z gry na 6 tygodni. Ostatecznie pojawił się na boisku 3 stycznia 2009. Wszedł wówczas na boisko w 65. minucie spotkania z RCD Mallorca, zdobywając zwycięskiego gola. Miesiąc później w meczu z tym samym przeciwnikiem rozegrał 250. spotkanie w barwach Barcelony.
6 maja 2009 roku zagrał w spotkaniu Ligi Mistrzów z Chelsea F.C. W 91. minucie spotkania Iniesta oddał strzał zza pola karnego i trafił do bramki. Dzięki temu Barcelona zakwalifikowała się do finału Ligi Mistrzów. 4 dni później Iniesta odniósł kolejny uraz w meczu z Villarreal na Camp Nou. Udało mu się jednak wystąpić w finale Ligi Mistrzów z Manchesterem United, który odbył się 27 maja 2009. Barcelona ostatecznie wygrała rozgrywki. Po tym spotkaniu na temat Iniesty wypowiedziało się kilka znanych osobistości m.in. Alex Ferguson: „Nie mam obsesji na punkcie Messiego. Zdecydowanie wyżej cenię umiejętności Iniesty. On jest fantastyczny, swoją grą sprawia ogromne możliwości dla zespołu. Jego talent jest niesamowity.