Od kolejnego sezonu został pierwszym bramkarzem drużyny. Łącznie zagrał dla klubu w trzydziestu trzech meczach.
W maju 2009 roku Thomsen został wypożyczony do AB Argir, którego bramkarz Heðin Stenberg został kontuzjowany i musiał zawiesić grę do końca sezonu. Po raz pierwszy wystąpił w półfinałowym meczu Pucharu Wysp Owczych 2009 przeciwko EB/Streymur (1:4). Do końca sezonu zagrał w dziewiętnastu spotkaniach, a w październiku podpisał z klubem kontrakt na dwa lata. Pozostał tam jednak jedynie do połowy roku 2010, kiedy przeszedł do HB Tórshavn. Dla nowego klubu zagrał łącznie w ośmiu spotkaniach i zdobył z nim tytuł mistrza kraju.
W listopadzie 2010 roku Thomsen podpisał kontrakt z klubem B68 Toftir, a już miesiąc później znalazł się na okresie próbnym w islandzkim BÍ/Bolungarvík. Ostatecznie pozostał jednak na Wyspach Owczych, debiutując w nowej drużynie 2 kwietnia 2011 roku w meczu Pucharu Wysp Owczych 2011 przeciwko FC Hoyvík (5:0). Do końca roku zagrał w dwudziestu dziewięciu meczach w barwach B68 Toftir.