W czasie okupacji Podwiński pracował w zarządzie m. Warszawy, od stycznia 1940 roku był członkiem Komisji Rzeczoznawców przy Komisarycznym Burmistrzu m. Warszawy, a od kwietnia 1941 roku do początku sierpnia 1944 roku – był pierwszym zastępcą burmistrza, po uzyskaniu zgody władz Polskiego Państwa Podziemnego. W okresie od 16 listopada 1943 roku do 1 kwietnia 1944 roku był więziony na Pawiaku.
Po objęciu władzy na ratuszu przez Delegata Rządu na m. st. Warszawę, Podwiński i burmistrz Julian Kulski zrezygnowali ze stanowisk, uznając jego władzę. Po upadku Starówki pod koniec sierpnia przedostał się kanałami do Śródmieścia. Po upadku powstania uczestniczył 3 października 1944 roku w rozmowach z gen. Erichem von dem Bach-Zelewskim na temat losów ludności Warszawy.
Po wojnie, od października 1944 roku zajmował się (wraz z m.in. prof. Stanisławem Lorentzem) ratowaniem dóbr kultury w Warszawie. Później, w latach 1945–1949 był kierownikiem biura Centrali Społem i Centralnego Związku Spółdzielczego w Łodzi, później w Warszawie. W tym czasie, w latach 1946–1950, wykładał politykę i gospodarkę samorządu terytorialnego w Uniwersytecie Łódzkim.