Kiedy wybuchła wojna zimowa w 1939, Pekurinen znów znalazł się w więzieniu. Z początkiem tzw. wojny kontynuacyjnej jesienią 1941 został wysłany na front z rozkazami noszenia munduru oraz używania broni. Na froncie nadal odmawiał noszenia munduru i używania broni. Z rozkazu kapitana Pentti Valkonena został stracony bez sądu. Pierwszych dwóch żołnierzy (sierżant Kivelä i szeregowy Kinnunen) odmówiło rozkazu rozstrzelania go; dopiero trzeci, kapral Asikainen, wykonał bezpośredni rozkaz Valkonena.
Po wojnie rozpoczęto śledztwo w sprawie śmierci Pekurinena, ale nigdy go nie ukończono. Pekurinen został praktycznie zapomniany przez ponad 50 lat, aż do publikacji w 1998 książki Odwaga: życie i egzekucja Arndta Pekurinena autorstwa . Miasto Helsinki nazwało park imieniem Pekurinena (Arndt Pekurisen puisto) dla jego upamiętnienia.
Według książki Erno Paasilinny motto Pekurinena było zainspirowane Jonathanem Swiftem: „Jako że ludzie nie są jedzeni, zarzynanie ich jest bezcelowe” ("Kun ihmisiä ei syödä, on niitä turha teurastaa").
Bibliografia Silvonen, Katri (2004). Conscientious objection in Finland. Peace Review, 16 (2), 207-209.
Kategoria:Straceni przez rozstrzelanie Kategoria:Finowie Kategoria:Obdżektorzy Kategoria:Pacyfiści Kategoria:Urodzeni w 1905 Kategoria:Zmarli w 1941