Na przełomie 1922 i 1923 do dyspozycji Komendy Powiatowej Policji Państwowej w Sejnach przydzielono z batalionu 1 oficera i 56 szeregowych. Po przydzieleniu do policji, żołnierze zostali przemundurowani i pełnili służbę na podstawie regulaminów policyjnych. Ich zadaniem była obrona ludności na terenie polskiego pasa neutralnego przed atakami litewskich partyzantów.
Z dniem 30 kwietnia 1923 dokonano korekty obsadzenia granic. 42 batalion zajmował odcinek około 45 km od wsi Rachelany do Niemna przy ujściu Kanału Augustowskiego i wystawiał 17 placówek.
W dniach 25-30 czerwca 1923 pododcinek ochraniany przez batalion, wraz z wyposażeniem granicznym oraz większością sprzętu, został przekazany Policji Państwowej. Większość oficerów zdecydowała się na służbę w oddziałach granicznych policji.
Sąsiednie bataliony 10 batalion Straży Granicznej ⇔ 41 batalion Straży Granicznej – XII 1922
Żołnierze batalionu Komendanci batalionu
stopieńimię i nazwiskookres pełnienia służbykolejne stanowiskokapitanHenryk SchenkIX 1922 – kapitanIgnacy Buśbył w 1923
Struktura organizacyjna