Połączenie znajomości odległych dziedzin jak sinologia i botanika umożliwiło mu opracowanie dzieł z historii badań nad florą Chin, jak poświęcona wczesnym badaczom Early European Researches Into the Flora of China, a w szczególności monumentalna, dwutomowa, licząca niemal 1200 stron, historia europejskiej botaniki w Chinach: History of European Botanical Studies in China. W Early European Researches... jako pierwszy prawidłowo zidentyfikował większość z roślin opisanych przez Michała Boyma we Florze sinensis.
Rośliny opisane po raz pierwszy przez Emila Bretschneidera oznacza się skrótem Bretschn.
Osiągnięcia Bretschneidera zostały upamiętnione w nazwie chińskiego krzewu Bretschneideria sinensis, jedynego przedstawiciela rodzaju Bretschneideria.
Dzieła (wybór) On the Knowledge Possessed by the Ancient Chinese of the Arabs and Arabian Colonies, London, Trübner & Co., 1871 Notes on Chinese Mediaeval Travellers to the West, London, Trübner & Co., 1875 Archaeological and historical researches on Peking and its environs, Szanghaj, American Presbyterian Mission Press, 1876 Early European Researches Into the Flora of China, London, Trübner & Co., 1881 Botanicon sinicum: Notes on Chinese botany from native and western, 3 tomy, London, Trübner & Co., 1882-1895 Mediaeval researches from Eastern Asiatic