W swoim późniejszym życiu Muir większość czasu poświęcał ochronie zachodnich lasów Ameryki Północnej. Dzięki niemu do Kongresu Stanów Zjednoczonych trafił projekt przyjętej w 1890 roku ustawy tworzącej Park Narodowy Yosemite. Wyrażana w jego dziełach duchowa jakość i entuzjazm wobec natury zainspirowały czytelników, w tym kongresmenów i prezydentów, do podjęcia działań na rzecz ochrony dużych obszarów dzikiej przyrody. Życie Muira, dziś nazywanego „Ojcem Parków Narodowych” („Father of the National Parks”), zostało uwiecznione m.in. przez National Park Service w krótkim filmie dokumentalnym.
John Muir jest uznawany za „inspirację dla Szkotów i Amerykanów”. Jego biograf, Steven J. Holmes, uważa, że Muir stał się „jednym z patronów działalności środowiskowej dwudziestowiecznej Ameryki”, zarówno politycznej jak i rekreacyjnej. Jego dzieła są często przytaczane i omawiane w książkach i czasopismach, jest również często cytowany przez fotografów przyrody, m.in. przez Ansela Adamsa. „Muir gruntownie ukształtował same kategorie, przez które Amerykanie rozumieją i wyobrażają sobie ich relację ze światem przyrody”„Muir has profoundly shaped the very categories through which Americans understand and envision their relationships with the natural world”, pisze Holmes.