Utrzymujący się na wschodzie stan zagrożenia wymusił organizację ochrony granicy opartą na jednostkach zmilitaryzowanych. Na północnej, zachodniej i południowo–zachodniej granicy państwa sytuacja polityczna stabilizowała się. Możliwe stało się oddanie utworzonego systemu ochrony celno–gospodarczej w ręce władzy cywilnej.
Formowanie i zmiany organizacyjne Bataliony celne Ministerstwa SkarbuZ chwilą zakończenia przejmowania i obsadzania granic przez Bataliony Wartownicze, Ministerstwo Spraw Wojskowych przekazało Ministerstwu Skarbu do czasowej dyspozycji cały utworzony system ochrony granic na zachodzie i południu kraju. 28 stycznia 1921 roku Ministerstwo Spraw Wojskowych do dyspozycji Ministerstwa Skarbu przekazano 21 batalionów wartowniczych pełniących dotychczas służbę graniczną. 26 marca 1921 roku ukazało się zarządzenie MSWojsk, gdzie we wstępie stwierdzano: „Z dniem 1 kwietnia 1921 roku ochrona celno-gospodarcza zachodniej i południowej granicy przechodzi definitywnie pod wyłączne kompetencje Ministerstwa Skarbu”. Z dniem tym Bataliony Wartownicze zmieniły nazwę na Bataliony Celne i nadane im zostały nowe numery. Bataliony poddano reorganizacji. Z dniem 1 kwietnia 1921 roku utworzono bataliony celne nr 1 do 21. Już 13 czerwca Ministerstwo Spraw Wojskowych przekazało kolejne 12 batalionów etapowych i wartowniczych.