Już od tego roku stacja stała się miejscem wizyt studentów i naukowców, początkowo głównie z Instytutu Geografii PAN i Polskiego Towarzystwa Geograficznego i prowadzenia kursów szkoleniowych. Z czasem zwiększał się personel stacji oraz jej wyposażenie laboratoryjne, jak również transportowe, łącznie z jednostkami pływającymi. W 1960 Polska Akademia Nauk przekazała stację swojej innej swojej jednostce – Zakładowi Ekologii, następnie Instytutowi Ekologii, jako że dla Instytutu Nenckiego PAN okazała się zbyt kosztowna w utrzymaniu, a nie dość potrzebna do prowadzenia działalności. Było to związane z tym, że w owym czasie stacja była wykorzystywana głównie przez pracowników tego zakładu, jak również Zakładu Hydrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego. W 1965 roku stacja stała się placówką Działu Limnologii Stosowanej IE PAN, następnie Działu Hydrobiologii. Wówczas zastępcą kierownika działu do spraw stacji i kierownikiem jej pracowni środowiskowej został Jan Igor Rybak. Jego rola jako kierownika naukowego oznaczała koordynację badań prowadzonych na stacji przez naukowców z różnych ośrodków. Z kolei kierownikiem stacji jako takiej został Roman Polkowski.