deild 2005 B71 Sandoy, zdobył Puchar Wysp Owczych 2005.
Pod koniec roku 2005 Gregersen został zawodnikiem klubu IF Skjold, rozgrywającego mecze w czwartej lidze duńskiej. Zagrał tam w dwóch spotkaniach, a następnie przeniósł się do kopenhaskiego BK Frem. Zadebiutował tam 12 marca 2006 w spotkaniu pucharowym przeciwko swojemu dawnemu klubowi Randers FC, który Frem przegrał 0:3. W lidze wystąpił po raz pierwszy 11 czerwca w spotkaniu przeciwko Brabrand IF (1:2). Jego drużyna zajęła wówczas 10. miejsce w tabeli drugiej ligi. W kolejnym sezonie Gregersen wystąpił w jedenastu spotkaniach. W styczniu 2007 roku przestał być zawodnikiem BK Frem.
Powrócił wówczas do GÍ Gøta, gdzie grał od początku sezonu 2007, występując po raz pierwszy 1 kwietnia 2007 w przegranym 0:2 ligowym spotkaniu przeciwko EB/Streymur. Jego drużyna zajęła wówczas piąte miejsce w ligowej tabeli. 4 lutego 2008 roku kluby GÍ Gøta oraz LÍF Leirvík oficjalnie się połączyły, tworząc Víkingur Gøta, w którego składzie pozostał Atli Gregersen. Z nowym klubem zdobywał trzecie (2008) oraz piąte (2009) lokaty w tabeli farerskiej ekstraklasy. W latach 2007–2010 włącznie obrońca zagrał w dziewięćdziesięciu dwóch spotkaniach GÍ i Víkingura Gøta.