Głównymi zmianami w stosunku do poprzednika były: instalacja wyrzutni torpedowych i działa pokładowego, zwiększenie mocy i niezawodności siłowni oraz wzrost prędkości i zasięgu jednostki, kosztem rezygnacji z możliwości łatwego transportu kolejowego (ze względu na powiększone rozmiary).
Przyszły UC-16 zamówiony został 29 sierpnia 1915 roku jako prototypowa jednostka z I serii okrętów typu UC II (numer projektu 41, nadany przez Inspektorat U-Bootów), w ramach wojennego programu rozbudowy floty. Został zbudowany w stoczni Blohm & Voss w Hamburgu jako pierwszy z 24 okrętów tego typu zamówionych w tej wytwórni. Stocznia oszacowała czas budowy okrętu na 8 miesięcy. UC-16 otrzymał numer stoczniowy 266 (Werk 266). Okręt został zwodowany 1 lutego 1916 roku. Koszt budowy okrętu wyniósł 1 mln 729 tys. marek.
Dane taktyczno-techniczne UC-16 był średniej wielkości przybrzeżnym okrętem podwodnym o konstrukcji dwukadłubowej. Długość całkowita wynosiła 49,35 metra, szerokość 5,22 m i zanurzenie 3,68 m (wykonany ze stali kadłub sztywny miał 39,3 m długości i 3,65 m szerokości). Wysokość (od stępki do szczytu kiosku) wynosiła 7,46 metra.