Do 1565 roku kilkukrotnie wzmacniano fort dobudowując kolejne elementy fortyfikacji: nadszaniec, drogę na szczycie przeciwskarpy, kleszcze i rawelin.
Wielkie Oblężenie 1565 roku
thumb|left|Matteo Perez d'Aleccio Oblężenie Malty – Zdobycie Fortu Saint Elmo W roku 1565 Turcy osmańscy najechali Maltę kolejny raz, siłami dużo większymi niż w roku 1551. Fort Saint Elmo był sceną wielu poważnych walk oblężenia oraz wytrzymał ciężkie bombardowanie tureckich dział ustawionych ponad fortem na wzgórzu Sciberras oraz baterii z północnego ramienia portu Marsamxett, na miejscu dzisiejszego fortu Tigné. Początkowy stan garnizonu fortu wynosił około 150 rycerzy Zakonu i 600 żołnierzy, większość których była Hiszpanami, oraz 60 uzbrojonych niewolników z galer. Garnizon mógł być dozbrojony przy pomocy łodzi z fortów po drugiej stronie Grand Harbour – z Birgu i Senglei.