W 1935 zamieszkał w Warszawie, gdzie w Katedrze Etnografii Polski Uniwersytetu Warszawskiego przygotowywał się do obrony pracy doktorskiej pt. Tkactwo ludowe i rzemiosło tkackie w Wileńskiem i Nowogródzkiem. Równocześnie uczelnia oddelegowała Lucjana Turkowskiego do Muzeum Narodowego, gdzie miał przeprowadzić reorganizację Działu Etnograficznego. W 1937 przygotował tam wystawę "Ubiór ludowy w Polsce" oraz przewodnik po niej, następnie otrzymał i przyjął zaproszenie od Towarzystwa Ochrony Sztuki Ludowej na zorganizowanie wystawy dotyczącej sztuki zdobniczej. Od 1936 pełnił funkcję dyrektora działu naukowego Polskiego Towarzystwa Popierania Przemysłu Ludowego. Po wybuchu II wojny światowej powrócił do Wilna, dwa lata później został aresztowany przez NKWD i zesłany do Uzbekistanu, skąd rok później udało mu się przedostać do Armii Andersa, gdzie został redaktorem technicznym wydawnictw wojskowych. Po dotarciu do Mandatu Palestyny pozostał tam przez cztery lata, w tym czasie przeprowadził badania etnograficzne dotyczące kultury rolniczej ludów arabskich zamieszkujących Góry Judzkie. Swoje wnioski w późniejszych latach opublikował w Londynie, do którego dostał się w 1947 podczas ewakuacji wojsk alianckich.