Również żołnierze 3 kompanii I Poznańskiego batalionu etapowego, ochraniający do tej pory placówki w Rakówku i Leszkiemiach, zostali przeniesieni do batalionu celnego. Natomiast żołnierze z 2. i 3. kompanii I Poznańskiego batalionu etapowego zostali zluzowani przez 42 batalion celny. Ostatecznie, 11 września, również żołnierze I Poznańskiego batalionu etapowego zostali włączeni w skład 43 batalionu celnego. Miejscem postoju dowództwa nowo sformowanego batalionu były Suwałki. Po zakończeniu formowania batalion przejął ochronę nowo utworzonego pododcinka kordonowego nr 3 od wsi Leszkiemie do wsi Wilkowo, na zachód od Augustowa.
Mimo że batalion był w całym tego słowa znaczeniu oddziałem wojskowym, nie wchodził on w skład pokojowego etatu armii. Uniemożliwiało to uzupełnianie z normalnego poboru rekruta. Ministerstwo Spraw Wojskowych zarówno przy ich formowaniu, jak i uzupełnianiu przydzielało mu często żołnierzy podlegających zwolnieniu, oficerów rezerwy oraz szeregowców i oficerów zakwalifikowanych przez dowództwa okręgów generalnych jako nie nadających się do dalszej służby wojskowej.