Mimo że batalion był w całym tego słowa znaczeniu oddziałem wojskowym, nie wchodził on w skład pokojowego etatu armii. Uniemożliwiało to uzupełnianie z normalnego poboru rekruta. Ministerstwo Spraw Wojskowych zarówno przy ich formowaniu, jak i uzupełnianiu przydzielało mu często żołnierzy podlegających zwolnieniu, oficerów rezerwy oraz szeregowców i oficerów zakwalifikowanych przez dowództwa okręgów generalnych jako nie nadających się do dalszej służby wojskowej.
29 października 1921 wojewoda tarnopolski wydał zarządzenie w którym granicę państwową na terenie województwa tarnopolskiego podzielił na cztery odcinki: II odcinek od mostu w miejscu, gdzie Zbrucz wpada do Dniestru do granicy powiatu husiatyńskiego obsadzał 39 batalion celny z miejscem postoju dowództwa w Borszczowie.
W listopadzie 1921 Ministerstwo Spraw Wewnętrznych postanowiło powołać brygady celne. 39 batalion celny znalazł się w strukturze 5 Brygady Celnej.
Wykonując postanowienia uchwały Rady Ministrów z 23 maja 1922, Minister Spraw Wewnętrznych rozkazem z 9 listopada 1922 zmienił nazwę „Baony Celne” na „Straż Graniczna”. Wprowadził jednocześnie w formacji nową organizację wewnętrzną.