w 1727 roku, architekt Giorgio Massari rozpoczął restaurację Sali dell'Albergo oraz podniósł o 5 metrów strop Salone di San Giovanni. Przebudował całkowicie ściany nośne i zbudował 12 dużych, owalnych okien aby oświetlić wnętrza. Dziełem Massariego była również marmurowa posadzka w korytarzu (1752). Na ołtarzu w Sala Capitolare umieszczono wielki posąg Świętego Jana Ewangelisty dłuta Giovanniego Marii Morlaitera.
Zniesienie i reaktywacja Scuoli 12 maja 1797 roku nastąpił kres Republiki Weneckiej. Napoleońskim dekretem z 25 kwietnia 1806 roku Scuola została zniesiona, a jej majątek częściowo sprzedany. Obrazy zostały przejęte przez państwo, ale pozostały w Wenecji wchodząc z czasem w skład kolekcji Gallerie dell’Accademia. Na mocy dekretu przepadek groził relikwiarzowi Krzyża, który miał być zabrany do Palazzo della Zecca celem przetopienia, ale staraniem Giovanniego Andrighettiego został wykupiony i dzięki pośrednictwu patriarchy Wenecji powrócił do Scuoli.