Wiosną 2013 Núñez przeniósł się do krajowego giganta – stołecznego CA Peñarol, który za sumę miliona dolarów wykupił 25% jego karty zawodniczej. Tam już w pierwszym sezonie – 2012/2013 – zdobył z drużyną prowadzoną przez Jorge da Silvę tytuł mistrza Urugwaju. Przez cały, dwuletni pobyt w Peñarolu był jednak regularnie trapiony kontuzjami, które skutecznie uniemożliwiły mu podjęcie walki o miejsca w wyjściowym składzie. W lutym 2015 udał się na wypożyczenie do ówczesnego mistrza Argentyny – zespołu Racing Club de Avellaneda (kwota transferu wyniosła 480 tysięcy dolarów, z opcją pierwokupu za cztery miliony), w którego barwach 22 lutego 2015 w zremisowanym 0:0 meczu z Olimpo, zadebiutował w argentyńskiej Primera División. Pierwszą bramkę zdobył natomiast 13 marca tego samego roku w wygranym 4:1 pojedynku z Colónem. Mimo udanego początku, już miesiąc później zerwał więzadła krzyżowe w kolanie, co poskutkowało siedmiomiesięczną przerwą w grze. Po rekonwalescencji nie potrafił już powrócić w Racingu do formy prezentowanej poprzednio.

W sierpniu 2016 Núñez – również na zasadzie wypożyczenia – zasilił meksykańską ekipę Chiapas FC z siedzibą w Tuxtla Gutiérrez.