W latach 1992–1997 pracował w dzienniku „Czas Krakowski”, publikował także m.in. w „Gazecie Polskiej”, „Nowym Państwie”, „Gościu Niedzielnym”, „Dzienniku Polskim” i „Naszym Dzienniku”. Wszedł w skład redakcji tygodnika „Źródło” i dwumiesięcznika „Arcana”. Od 1998 do 1999 był redaktorem naczelnym „Kroniki XX wieku: Polska i świat”.
W 2000 zatrudniony w oddziale krakowskim Instytutu Pamięci Narodowej, w ramach pracy w IPN był m.in. współautorem serii popularnonaukowej Z archiwów bezpieki – nieznane karty PRL (2006–2010) oraz serii książek dla dzieci Kocham Polskę (2007–2016). W latach 2009–2012 był członkiem rady programowej Radia Kraków. Odszedł z niej w geście protestu przeciwko nieprzyznaniu miejsca na multipleksie dla Telewizji Trwam.
18 lipca 2016 Kolegium IPN rekomendowało jego kandydaturę na stanowisko prezesa Instytutu Pamięci Narodowej. 21 lipca 2016 Sejm, stosunkiem głosów 256 za, 166 przeciw i 13 wstrzymujących, wybrał go na prezesa IPN. Jego rekomendacji na to stanowisko sprzeciwiali się działacze Platformy Obywatelskiej. Tego samego dnia Senat, stosunkiem głosów 59 za, 18 przeciw i 1 wstrzymujący się, zgodził się na ten wybór. 22 lipca 2016 Jarosław Szarek złożył przed Sejmem ślubowanie, obejmując urząd prezesa IPN.