Jerzy Stefanowski jest wiceprezesem Polskiego Stowarzyszenia Sztucznej Inteligencji. Należał do poznańskiego oddziału Polskiego Towarzystwa Informatycznego. Członek założyciel International Rough Sets Society. Od 2006 był członkiem rady redakcyjnej czasopisma „Transactions on Rough Sets”. Ponadto w latach 1991–1997 zajmował stanowisko sekretarza redakcji, a od 2014 redaktora naczelnego czasopisma „Foundations of Computing and Decision Sciences”. W 2021 roku został członkiem korespondentem PAN. W kadencji 2023–2026 pełnił również funkcję przewodniczącego Rady Naukowej Instytutu Podstaw Informatyki PAN.
Recenzent szeregu czasopism oraz kilkunastu prac doktorskich i habilitacyjnych a także kilkukrotny promotor doktoratów.
W pracy badawczej zajmuje się takimi zagadnieniami jak: systemy uczące się, eksploracja danych, metody pozyskiwania i zarządzania wiedzą, klasyfikacja danych, teoria zbiorów przybliżonych, wielokryterialne wspomaganie decyzji, przetwarzanie danych tekstowych oraz informatyka medyczna.
Artykuły publikował w takich czasopismach jak m.in.