Tempo odbudowy świątyni nie szło jednak w parze z jej jakością, przez co już na początku XIX wieku niezbędny okazał się kapitalny remont. Ks. Jan Nepomucen Urbankiewicz (1810-1839) zreperował dach, odnowił ołtarze, sprawił ławki, konfesjonał, feretrony, żyrandol, 10-głosowe organy, założył cmentarz grzebalny, a w 1838 r. Józef Pisarzewski (miejscowy dziedzic) ufundował ołtarz św. Józefa. W 1896 kościół wymalowano, wymieniono podłogę oraz zakupiono nowe ornaty. W 1911 pobudowano dzwonnicę i zgromadzono materiał do budowy plebanii, którą w 1931 ukończył ks. Lucjusz Mioduszewski.
Kolejny pożar świątyni nastąpił 4 listopada 1936. Spłonęło całe wyposażenie świątyni, mury zachowały się. Do początku II wojny światowej odbudowano kościół, jednak wnętrze było w dużej mierze prowizoryczne. Z dawnych czasów zachowało się kilka zabytków: kielichy, monstrancja, relikwiarz, krzyż procesyjny i obraz MB Anielskiej. Lata powojenne upłynęły na stopniowym doposażaniu krajkowskiego kościoła po pożarze z 1936, m.in. o dzwon (1945), obraz MB Częstochowskiej (1948), ołtarz główny i ołtarze boczne (1954), organy (1971).
Kościoły filialne i kaplice Na terenie parafii, we wsi Kondrajec Szlachecki, istnieje kaplica pw. MB Częstochowskiej. Tradycja istnienia świątyni sięga lat 30. XX wieku.