Opuściwszy w 1236Suny R. G., The Making…, s. 40. Tbilisi, które na jej rozkaz zostało spalone, Rusudan przeniosła się do Kutaisi i początkowo próbowała przygotować się do nowej wojny z Mongołami. Nie otrzymawszy jednak pomocy z Europy, wysłała posłów do Batu-chana, zgadzając się uznać zwierzchność Mongołów nad Gruzją. Uzyskała nieobjęcie Gruzji zachodniej administracją mongolską, zgadzając się na płacenie wysokiego haraczu i kierowanie żołnierzy na wojny toczone przez Mongołów. W Gruzji wschodniej natomiast wprowadzony miał zostać skomplikowany system podwójnych rządów mongolsko-gruzińskich. Porozumienie w tej sprawie zawarte zostało w 1243.
Pragnąc zagwarantować swojemu synowi Dawidowi następstwo tronu, Rusudan wysłała go do siedziby Batu-chana. Nie wrócił on na Kaukaz do śmierci matki, która nastąpiła w 1245. Po jej śmierci Mongołowie wysłali do Gruzji i ogłosili następcami tronu zarówno Dawida, jak i nieślubnego syna Jerzego IV, również Dawida, który za życia Rusudan był z jej inicjatywy przetrzymywany na dworze jej zięcia, sułtana Rumu Kaj Chusraua IIA. Mikaberidze, Historical…, s. 576.. Ich rywalizacja o władzę przyczyniła się do dalszego osłabienia Gruzji.