Po likwidacji unickiej diecezji chełmskiej cerkiew w Bohorodicy stała się świątynią prawosławną. Dziewięć lat później rozbudowano ją o przedsionek. W 1892 obiekt został gruntownie wyremontowany, a od ponownego poświęcenia nosił wezwanie Poczęcia św. Anny (poprzednie wezwanie cerkwi nie jest znane w tradycji prawosławnej). Od 1898 cerkiew posiadała status parafialnej. W 1915 r. 46 prawosławnych rodzin ze wsi udało się na bieżeństwo, a działalność parafii zamarła. Niemal wszyscy mieszkańcy wsi wrócili do Bohorodycy po 1918 i bezskutecznie ubiegali się o zgodę na restytuowanie parafii w niepodległej PolsceK. Grzesiak, Diecezja..., s. 58.. Prawosławni stanowili w okresie międzywojennym większość mieszkańców miejscowościK. Grzesiak, Diecezja..., s. 77.. W 1929 metropolita warszawski i całej Polski Dionizy prosił Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego o zgodę na otwarcie cerkwi w Bohorodycy jako filialnejK. Grzesiak, Diecezja..., s. 61.. Świątynia nie została jednak przywrócona do stałego użytku liturgicznego. Ministerstwo nie zgodziło się również przekazać jej neounitomK. Grzesiak, Diecezja..., s. 163.. Nabożeństwa prawosławne, za każdorazową zgodą władz, odbywały się w niej tylko okazjonalnie. Cerkiew zniszczono 6 lipca 1938 w ramach tzw. akcji polonizacyjno-rewindykacyjnejK. Grzesiak, Diecezja..., s.