Składają się na nią przede wszystkim: organizowanie specjalnych konwersatoriów i sympozjów, prace archiwalno-dokumentacyjne pontyfikatu, wydawanie kwartalnika "Ethos" oraz innych publikacji, podejmowanie różnych akcji o charakterze formacyjnym.
Władze Instytutu Jana Pawła II stanowią: Zarząd i Rada Naukowa.
W skład Zarządu wchodzą:
ks. dr hab. Marek Słomka, prof. KUL – od 1 X 2022 r. dyrektor Instytutu, dr Tomasz Górka – sekretarz, dr Kazimierz Krajewski – członek zarządu.
Prof. dr hab. Tadeusz Styczeń SDS - założyciel i przez blisko 25 lat dyrektor Instytutu, od 1 grudnia 2006 r. pozostawał jako jego Dyrektor Honorowy; zmarł 14 X 2010 r. W latach 2006-2014 funkcję dyrektora sprawował ks. dr hab. Alfred Marek Wierzbicki, natomiast w latach 2014-2022 funkcję tę pełniła dr hab. Agnieszka Lekka-Kowalik, prof. KUL.
Radę Naukową konstytuuje obecnie 27 profesorów, reprezentujących różne ośrodki naukowe w kraju - kard. prof. dr hab. Stanisław Nagy SCJ przewodniczył Radzie przez 25 lat od początku istnienia Instytutu, natomiast z początkiem 2007 r. pełnienie tej funkcji zostało powierzone prof. dr. hab. Andrzejowi Szostkowi MIC, pełnienie której zakończył 30 września 2020 r. Od 1 października 2020 r. przewodniczącym Rady jest o. prof. dr hab.