Zgodnie z uchwałą Senatu Akademickiego z 31 stycznia 2013 r. w jednostce nastąpiły zmiany organizacyjne. Zarządzeniem rektora KUL ks. A. Dębińskiego z 12 maja 2014 r. zostały zlikwidowane Katedra Etyki Społecznej i Politycznej (założona w 1993 r.) oraz Katedra Filozofii Boga (istniejąca od 2005 r. i kierowana przez W.F. Dłubacza). W Instytucie Filozofii Przyrody i Nauk Przyrodniczych zniesiono: Katedrę Filozofii Przyrody Nieożywionej, Katedrę Filozofii Kosmologii, Katedrę Relacji między Nauką a Wiarą, Katedrę Biologii Teoretycznej i Katedrę Fizyki Teoretycznej. W skład Instytutu wchodzą następujące katedry:
Katedry Instytutu Filozofii (4 maja 2020 r.) Katedra Antropologii Filozoficznej i Filozofii Prawa – kierownik: dr hab. Katarzyna Stępień Katedra Etyki – kierownik: s. prof. dr hab. Barbara Chyrowicz Katedra Filozofii Kultury i Podstaw Retoryki – kierownik: prof. dr hab. Piotr Jaroszyński Katedra Filozofii Przyrody i Nauk Przyrodniczych – kierownik: dr hab. Zbigniew Wróblewski prof. KUL Katedra Filozofii Religii – kierownik: dr hab. Marek Piwowarczyk prof. KUL Katedra Historii Filozofii Nowożytnej i Współczesnej – kierownik: prof. dr hab. Piotr Gutowski Katedra Historii Filozofii Starożytnej i Średniowiecznej – kierownik: prof. dr hab. Agnieszka Kijewska Katedra Historii Filozofii w Polsce – kierownik: dr hab.