W nocy z 8 na 9 sierpnia 1939 roku rezerwowe kompanie saperów nr 126 i 127 przybyły do Gdyni. O świcie 9 sierpnia 1939 roku kompania nr 126 pomaszerowała do Dębogórza, a kompania nr 127 do Starego Obłuża.
Batalion wykonywał fortyfikacje polowe na terenie Kępy Oksywskiej, a następnie walczył w jej obronie. 19 września 1939 roku, po kapitulacji Lądowej Obrony Wybrzeża, żołnierze batalionu dostali się do niemieckiej niewoli.
Organizacja i obsada personalna batalionu dowódca batalionu – mjr sap. st. sp. Rudolf Fryszowski (ranny 17 IX 1939) zastępca dowódcy batalionu – mjr sap. st. sp. Jakub Witkowski oficer techniczny – kpt. sap. Kazimierz Łobodziński (18 IX 1939 ranny † 25 IX 1939) adiutant – kpt. sap. Antoni Malinowski (ciężko ranny 19 IX 1939) szef żandarmerii batalionu – ppor. sap. rez. inż. Maksymilian Zuske (17 † IX 1939) dowódca rezerwowej kompanii saperów nr 126 – por. rez. inż. Henryk Orleański dowódca rezerwowej kompanii saperów nr 127 – kpt. rez. inż. Ludwik Paprocki dowódca plutonu – por. rez. inż. Marian Kamiński (ranny 12 IX 1939) dowódca plutonu – por. rez. Jan Żelewski (ranny 14 IX 1939) dowódca morskiej rezerwowej kompanii saperów – kpt. sap. rez. inż. Marian Zasztowt († 19 IX 1939 Kolonia Obłuże) dowódca plutonu – por. Marian Świtalski († 18 IX 1939 Kolonia Obłuże) dowódca plutonu – por.