W 1992 przyjął nazwę Kosonsoychi KosonsoyUzbekistan - List of Name Changes - RSSSF i debiutował w pierwszych niepodległych rozgrywkach Wyższej Ligi Uzbekistanu. W 1993 zmienił nazwę na Kushon Kosonsoy, ale zajął przedostatnie 15. miejsce w lidze i spadł do Pierwszej Ligi. W 1994 był trzecim, a w 1995 uplasował się na drugiej pozycji i powrócił do Wyższej Ligi. W 1996 przed startem w Wyższej Lidze zmienił nazwę na FK Kosonsoy. W 1998 zajął ostatnie 16. miejsce w lidze i ponownie spadł do Pierwszej Ligi.
W 2003 połączył się z drugą drużyną Navbahoru Namangan i występował w Pierwszej Lidze jako Navbahor-2 Kosonsoy. W 2004 powrócił do nazwy FK Kosonsoy. W latach 2005–2007 nazywał się Kosonsoy Zakovat umieszczając nazwę sponsora, a potem przywrócił nazwę historyczną klubu FK Kosonsoy. W 2005 występował przez jeden sezon w Drugiej LidzeUzbekistan - List of Divisional Movements - RSSSF.