Muszkieterowie portugalscy wrócili do Europy, a Klaudiusz prowadził dalsza ofensywę, sukcesywnie odbijając utracone wcześniej przez swojego ojca prowincje. Działania wojenne zostały przerwane w połowie 1543 z powodu klęski głodu w Etiopii. W 1545 cesarz opanował Deuaro, które muzułmanie próbowali odbić w 1548. Zakończyło się klęską z powodu skutecznej obrony jednego z dowódców, Fanuela. Następnie na rozkaz cesarza, Fanuel bezpośrednio najechał sułtanat Adalu, a po nim Klaudiusz udał się tam osobiście, plądrując terytorium wroga przez kilka miesięcy. Cesarz zajął wówczas Harer i zabił sułtana Barakata ibn Umara Dina, ostatniego przedstawiciela rządzącej Adalem dynastii Uelasma. Oprócz walk z muzułmanami, Klaudiusz tłumił bunty regionów i plemion, które chciały się oddzielić od cesarstwa. W marcu 1548 Klaudiusz wyruszył na wyprawę mająca na celu podporządkowanie sobie okręgów zlokalizowanych na granicy z Damot. Walczył także z najeżdżającymi Etiopię, ludami Galla. Z kolei w latach 1550–1552 cesarz umacniał swoją władzę na południowym wschodzie, zwłaszcza w Uedż, gdzie ufundował rezydencję i kościół. Rejony te były strategicznie ważne ze względu na swoje bogactwa naturalne, w tym złoto, oraz z przyczyn politycznych, ponieważ zostały dopiero co odzyskane z rąk muzułmanów.