Przerwał studia i próbował podjąć pracę w CIA, ale z powodu zażywania narkotyków został odrzucony. 19 września 1979 roku został przyjęty do wywiadu marynarki wojennej jako analityk ds. ZSRR. Również w nowej pracy rozpowszechniał pogłoski o rzekomej współpracy z izraelskim wywiadem. Na początku lat 1980. komandor David Muller prowadził z nim rozmowę rekrutacyjną, Pollard opowiedział mu jednak w jej trakcie niewiarygodną historię o porwaniu narzeczonej i trwającym cały weekend jego rzekomym pościgu za porywaczami. Muller nie przyjął Pollarda do nowego zespołu, jednak nie podzielił się swoimi wątpliwościami co do kondycji psychicznej Pollarda ze swoimi zwierzchnikami. Pollard przedstawiał także inne nieprawdopodobne teorie, a raport z badania na wykrywaczu kłamstw z 1980 roku zawierał bezpośrednią konkluzję o jego niezrównoważeniu, jednakże nie podjęto wobec Pollarda żadnych kroków, oprócz przeniesienia na mniej odpowiedzialne stanowisko i pozbawienia dostępu do najtajniejszych dokumentów. Nie chcąc się z tym pogodzić, zażądał oceny wojskowego psychiatry, który uznał go za całkowicie zdrowego. Pomimo tego, wywiad nie zamierzał przywrócić mu poprzedniego statusu, więc Pollard pozwał wywiad.