Pierwszy Zarząd ESS, który podpisał statut towarzystwa 3 grudnia 1999 roku składał się z następujących członków: Carlo Faber (Luksemburg), Luc Michel (Belgia), Joachim Muller (Niemcy), Tadeusz Popiela (Polska), Sergio Stipa (Włochy) i Robin C.N. Williamson (Wielka Brytania). Siedzibą prawną towarzystwa początkowo był Luksemburg (1999 - 2007), później została ona przeniesiona do Krakowa (grudzień 2007). Na Walnym Zgromadzeniu, które odbyło się w Krakowie w 2000 roku podjęto decyzje o rejestracji Europejskie Towarzystwa Chirurgicznego w Unii Europejskiej jako organizację non-profit. Prezes Towarzystwa wybierany jest na roczną kadencję i jest odpowiedzialny za organizowanie posiedzeń zarządu oraz dorocznego kongresu. Rolą sekretarza generalnego jest prowadzenie bieżącej działalności Towarzystwa. Pierwszym sekretarzem generalnym był Steen Jenson (Dania, 1996 - 1997), kolejnym Luc Michel (Belgia, 1997 - 2005), a następnie Andrew Kingsnorth (Wielka Brytania, 2005 - 2006). Od 2007 roku stanowisko to piastuje Jan Kulig (Polska).