Represje po upadku powstania Po klęsce powstania styczniowego popadł w konflikt z władzami kościelnymi i państwowymi. Po krótkiej rekonwalescencji spędzonej u rodziny i w uzdrowiskach w okolicy Jasła, m.in. w Iwoniczu-Zdroju, pod przybranym nazwiskiem ks. Tomasza Paszyńskiego (doktora teologii) wykładał w Seminarium Duchownym w Przemyślu. 9 lipca 1864 podczas pobytu u przyjaciela ks. Stanisława Morgensterna w Żabnie-Odporyszowie nad Dunajcem został aresztowany i postawiony przed sądem wojennym. Za udział w ruchu rewolucyjnym skazany w Tarnowie na 10 miesięcy więzienia. Wyszedł na wolność po ośmiu miesiącach pobytu w tarnowskim więzieniu i opłaceniu kaucji na mocy aktu łaski cesarza Franciszka Józefa, następnie pracował w tamtejszym klasztorze bernardyńskim jako wydawca, głosił także okolicznościowe kazania w związku z uroczystościami narodowymi, w tym z rocznicą rzezi galicyjskiej.