Nakamura powrócił do NJPW 24 września 2006 i dołączył do ugrupowania Black. Połączył siły z Masahiro Chono i wraz z nim wygrał G1 Tag League. 10 grudnia, zawalczył z IWGP Heavyweight Championem Hiroshim Tanahashim, lecz nie zdołał go pokonać. 4 stycznia 2007, na Wrestle Kingdom, Nakamura przegrał starcie z Toshiakim Kawadą. Wziął udział w turnieju G1 Climax; dostał się do półfinału, lecz został zmuszony opuścić turniej z powodu kontuzji ramienia. Do akcji w ringu powrócił dopiero w listopadzie. Nakamura przejął pozycję lidera grupy Black i przemienił ją w RISE – stajnię, składającą się z niego samego, Minoru, Milano Collection A.T., Hirookiego Goto, Gianta Bernarda, Travisa Tomko, Prince'a Devitta oraz Low Kiego. 9 grudnia, Nakamura pokonał Togiego Makabe w walce o miano pretendenckie do IWGP Heavyweight Championship.
4 stycznia 2008, Nakamura wygrał starcie o IWGP Heavyweight Championship z Hiroshim Tanahashim, stając się dwukrotnym posiadaczem tytułu. 17 lutego, pokonał Kurta Angle'a, wygrywając IWGP Heavyweight Championship federacji Inoki Genome Federation.