Największą tragedią, która dotknęła wieś, była jednak niemiecka pacyfikacja w dniu 8 marca 1944.
Bezpośredniej przyczyny pacyfikacji należy szukać w wydarzeniach, które rozegrały się w Jamach dzień wcześniej. Wieczorem 7 marca do wsi przybył kilkudziesięcioosobowy oddział złożony z byłych żołnierzy sowieckich na służbie niemieckiej. W polskich źródłach owych kolaborantów określano mianem „Kałmuków” lub „Mongołów”. Z zachowanych niemieckich dokumentów wynika natomiast, że należeli oni do 0498 jednostki Turkmenów. Prawdopodobnie żołnierze byli w Jamach tylko przejazdem. Część polskich źródeł sugeruje, iż mogli stanowić straż przednią ekspedycji karnej, której zadaniem było przeprowadzenie operacji przeciwpartyzanckiej w pobliskich Lasach Parczewskich.
Po przybyciu do wsi żołnierze wezwali sołtysa Wiktora Szkuata i polecili mu wyznaczyć furmanów, którzy następnego dnia mieli ich zawieźć w bliżej nieokreślonym kierunku. Zażądali ponadto alkoholu i kolacji, którą miały przygotować wyznaczone przez sołtysa kobiety. Szkuat wskazał przybyszom pięć dużych gospodarstw, w których zatrzymali się na nocleg. Po zmroku żołnierze rozkazali mieszkańcom Jam, aby zamknęli się na noc w domach i nie palili żadnych świateł. Na temat dalszego przebiegu wydarzeń istnieją sprzeczne relacje.