Hernán Cortés przybył do regionu w 1519. Zuuangua pozostał neutralny wobec walk hiszpańsko-azteckich, jednakże zmarł niedługo po przybyciu Hiszpanów na przywiezioną przez nich czarną ospę. Po jego śmierci rozpadło się także jego państwo, które zostało podbite przez konkwistadorów.

W 1533 Vasco de Quiroga rozpoczął akcję nawracania miejscowych Indian. W 1538 otrzymał stanowisko biskupa Michoacánu. W 1541 założone zostaje miasto Morelia. Okres kolonialny cechował się głównie rozwojem działalności rolniczej. Region nawiedzały często klęski żywiołowe w postaci erupcji wulkanicznych.

Po wybuchu walk o niepodległość w 1810, przywódca powstańców – Miguel Hidalgo y Costilla wkroczył do Morelii, nie napotykając przy tym na żaden opór ze strony wojsk rojalistycznych, które opuściły miasto kilka dni wcześniej. Podczas rządów powstańców ogłoszono między innymi zniesienie niewolnictwa. W 1811 po przegranej rebeliantów z rojalistami pod mostem Calderón Michoacán znowu wrócił pod panowanie hiszpańskie. Dopiero w 1821 po ostatecznej przegranej wojsk kolonialnych Michoacán stał się jedną z części federalnego Meksyku.