Dodatek alkoholu powoduje wytrącenie DNA które osadza się na dnie probówki po odwirowaniu. Stopień precypitacji rośnie wraz ze zwiększaniem siły jonowej roztworu zwykle przez dodatek octanu sodu. Ekstrakcja fenol-chloroform. Fenol denaturuje białka w próbce które po odwirowaniu pozostają w fazie organicznej natomiast w fazie wodnej znajdują się kwasy nukleinowe zmieszane z chloroformem. (Dla DNA stosuje się mieszaninę z dodatkiem buforu o pH = 8 natomiast w przypadku RNA stosuje się zakwaszony fenol) Oczyszczanie na mikrokolumnach wirówkowych wykorzystujące zjawisko adsorpcji kwasów nukleinowych na ziarnach krzemionki(lub innego adsorbentu). Adsorpcja zależy od użytego pH roztworu oraz zawartości soli. Techniki izolacji mogą być modyfikowane o dodatek odczynników chelatujących jony takie jak Mg2+ oraz Ca2+ co chroni DNA przed strawieniem przez DNazy (jony te są niezbędne do prawidłowej pracy niektórych enzymów).
Po izolacji oczyszczone DNA jest rozpuszczane zwykle w lekko zasadowym buforze TE lub w wodzie wysokiej czystości.