Etapy budowania farmakoforu mały|Przykładowy model farmakoforu. Budowanie farmakoforu można podzielić na następujące etapy: przygotowanie danych – analiza struktury chemicznej jak najbardziej różnorodnej grupy związków chemicznych o największej aktywności dla tego samego miejsca wiążącego, przypisanie typów i ładunków poszczególnym atomom oraz ustalenie, czy dana grupa funkcyjna będzie donorem, czy też akceptorem protonu wiązania wodorowego, przeszukiwanie przestrzeni konformacyjnej – większość aktywnych cząsteczek jest elastycznymi molekułami i może przyjmować praktycznie nieskończoną liczbę kształtów, więc dla potrzeb modelowania molekularnego analizę ogranicza się do konformacji o najniższych energiach potencjalnych (można również rozważać grupy konformacji), wybór elementów i zakodowanie struktury molekuł – wybór z każdej cząsteczki elementów mogących być elementem farmakoforu w postaci punktów skojarzonych ze środkiem ciężkości atomów tego elementu, generowanie farmakoforów – najpierw poszukuje się dwóch cech farmakoforycznych (elementów i ustalonych odległości między nimi) wspólnych dla wszystkich badanych związków chemicznych, następnie dodaje się kolejne elementy, aż do znalezienia maksymalnej (lub z góry określonej) liczby cech wspólnych dla wszystkich badanych związków chemicznych. W wyniku procedury budowania