Chciał, aby ojciec dopuścił go do współrządów w księstwie. Ten jednak gardził nim i choć sam nie był w stanie wskutek choroby rządzić państwem, powierzał ster rządów swym doradcom. Frustracja spowodowana odsuwaniem od rządów oraz niepowodzeniami w podejmowanych na własną rękę akcjach przeciwko protestantom w księstwach ojca (które dodatkowo spotęgowały nieufność ojca i jego doradców), a także niepokojący brak potomka, doprowadziły u Jana Wilhelma do rozwoju choroby psychicznej. Paranoja i ataki wściekłości, które w pełni uwidoczniły się w 1590 r., z czasem zmieniły się w otępienie.
W 1592 r. zmarł jego ojciec, ale w praktyce Jan Wilhelm był niezdolny do rządów. Po tym, jak zamordowano pierwszą żonę w 1597 r. (prawdopodobnie za sprawą siostry Jana Wilhelma, Sybilli, z którą zażarcie konkurowała o udział w rządach księstwami) i w czasie chwilowej poprawy zdrowia, w 1599 r. Jan Wilhelm ożenił się z Antoniną, córką księcia Lotaryngii Karola III. To małżeństwo, podobnie jak poprzednie, okazało się bezdzietne, a książę na powrót pogrążył się w chorobie.